慶余年太平別院的秘密是湖底的禁忌之門。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到的內(nèi)容,太平別院內(nèi)的湖底隱藏著禁忌之門,也是所有秘密的最終所在。這個禁忌之門可能是一個實驗室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設備,如手機、導航、電腦等。禁忌之門涉及到人類滅亡的秘密和葉輕眉的起源。慶帝離開太平別院后,那里仍然在重兵把守,說明慶帝一定知道這里與眾不同的地方,但是一直搞不懂。湖底的秘密可能是葉輕眉所說的“禁忌之門”所在,也很有可能是那個“神廟”所在,只有這樣的可能性才可以完美解釋葉輕眉是如何蘇醒、如何來到這個世界的。然而,具體的秘密內(nèi)容并未在提供的信息中明確揭示。