關于太平別院的秘密有很多猜測和揣測,但具體的答案并沒有明確揭示。有人認為太平別院的湖底可能是通往“神廟”的暗門,或者藏有一些高科技儀器和科學文獻,還有葉輕眉和慶帝的書信。小說版中提到,箱子里的秘密是一把巴特雷、一封信和幾顆藥丸。葉輕眉在太平別院中設立了一個類似神廟的實驗室,里面可能有很多高科技設備。葉輕眉在給范閑的信中提到,太平別院湖底存在著禁忌之門,那里有人類滅亡的秘密和葉輕眉最初的原點。慶帝對太平別院的秘密也有所掌控,他表示要用重兵把守太平別院,讓探查太平別院的人死心??傊?,根據提供的信息,具體的太平別院的秘密并沒有被明確揭示。