慶余年太平別院湖底的秘密是禁忌之門。根據(jù)小說中的描述,葉輕眉在給范閑的書信中提到,湖底存在著禁忌之門,也是一切秘密的最終所在。太平別院是葉輕眉曾經(jīng)居住的地方,也是她與慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時逍遙的地方。禁忌之門的秘密與范閑有關(guān),與范閑來到這個世界有關(guān)。范閑是一個精神“穿越”到葉輕眉兒子身上的人,被解釋為上個文明的一種實驗。然而,范閑的存在違反了人類思想底線,因為他的靈魂“奪舍”了一個初生兒的靈魂,這是禁忌的行為。湖底的秘密可能涉及到范閑的來世以及葉輕眉的實驗和種子的真相。然而,具體的秘密內(nèi)容并沒有提供。