木葉39年，自第二次忍界大戰(zhàn)徹底爆發(fā)的兩年后，此時戰(zhàn)爭已經(jīng)臨近尾聲，各國之間的兵力損傷慘重，經(jīng)濟倒退，已無力再維持戰(zhàn)爭。
云隱、巖隱、霧隱紛紛結(jié)束戰(zhàn)爭。只有木葉、砂隱、雨隱三村還在繼續(xù)戰(zhàn)斗。
木葉接近三千人的戰(zhàn)斗部隊，除去陣亡、重傷人員之外，如今只剩下了一千人。甚至連木葉另外上千人的后勤部隊，也在敵村偷襲之下死傷過半。
作為占據(jù)上風(fēng)的木葉村尚且損失如此，其他村子的損傷只會更大。
這兩年里，不斷的有人偷襲暗殺旗木兄弟倆人。各種各樣的暗殺手法，在兄弟二人吃飯時、睡覺時、巡邏時、甚至連上廁所時都被暗殺過。花樣頻出的暗殺讓兄弟二人防不勝防，火影派來保護兄弟二人的護衛(wèi)，也在保護過程中死的死傷得傷。
后來才知道是風(fēng)影給旗木兄弟二人，開出了價值八千萬的天價懸賞金導(dǎo)致的被暗殺。于是在三個月前與砂隱村的最后一戰(zhàn)中，憤怒至極的兄弟二人，火力全開，矛頭直指向三代風(fēng)影。
在殺死風(fēng)影身邊的二十名護衛(wèi)后，兩把忍刀，黑玉和白牙，一前一后的刺穿了三代風(fēng)影的心臟。就在三代風(fēng)影臨死前，釋放出了極其可怕的一招，磁遁·砂鐵界法！
漫天的砂鐵在空中形成大型帶長刺的結(jié)界進行穿刺攻擊。無數(shù)道砂鐵長矛刺穿了雷遁之鎧，旗木兄弟二人即使憑強大的肉體也擋不住那砂鐵長矛，于是旗木兄弟二人被刺的滿身血窟窿。
好在隨著三代風(fēng)影的陣亡，砂鐵才漸漸消散不見。砂隱的忍者們看到三代風(fēng)影已死，知道和木葉的一仗敗了，紛紛開始后退撤兵。
旗木兄弟在刺殺三代風(fēng)影后，身受重傷，暈倒在戰(zhàn)場之中。綱手給旗木兄弟治療過后，已無大礙，只需要靜靜修養(yǎng)即可。
于是猿飛日斬派遣了十二位暗部成員，精心保護正病床上修養(yǎng)的木葉英雄，黑白獠牙兄弟。
這場第二次忍界大戰(zhàn)，本來的目的就是各大國為了擴張土地，掠奪資源而發(fā)起的。云隱、巖隱、霧隱三方在小國家，音之國附近爭斗。而木葉、砂隱則以雨隱村為戰(zhàn)場。
眼看砂隱退兵，眼前敵手只剩下雨隱村了。機不可失，猿飛日斬急忙想要派兵攻打雨隱村。
但因旗木兄弟二人重傷未愈，還躺在病床之中。于是猿飛日斬的可用之人只剩下綱手、自來也、大蛇丸三人。
綱手、自來也、大蛇丸三人，率領(lǐng)了三百個木葉忍者攻向雨隱村。而雨隱村這個小勢力，被夾在大國爭斗之中也死傷慘重，此時還能堅持戰(zhàn)斗的忍者只剩下區(qū)區(qū)三十人而已。
兩邊人馬在雨隱村街道對峙，隨著綱手一聲令下，木葉的三百名忍者紛紛沖上前去戰(zhàn)斗。兩邊忍術(shù)紛飛，場中再次充滿了風(fēng)火雷土水各種屬性。
一時間雨隱村周圍房屋盡數(shù)坍塌，煙霧彌漫，塵土飛揚。雨隱還活著的忍者越來越少，畢竟對面的人數(shù)是自己的十倍。木葉忍者看到對方已經(jīng)敗退，正紛紛發(fā)起沖鋒。
然后被人們尊稱為【半神】的山椒魚半藏出手了，火遁·起爆炎陣！只見地面下出現(xiàn)了無數(shù)起爆符，在半藏的控制之下纏住了木葉忍者的腿。
接著起爆符嘭嘭嘭的爆炸，上百名忍者接連斷肢倒地，哭嚎不止。在起爆符升起的時候，大蛇丸和自來也已經(jīng)提早感知到并躲開，而綱手的感知能力稍差。
就在起爆符升起在綱手腿邊要爆開時，忍法·針地藏！原來自來也的頭發(fā)變?yōu)榱藞皂g的鎧甲，將綱手護在其中。可惜起爆符威力太過強勁，綱手的腿還是被炸的血流不止。
綱手馬上使用醫(yī)療忍術(shù)·掌仙術(shù)止血，隨后自來也與大蛇丸二人攻向了山椒魚半藏。
忍法·潛影蛇手！
忍法·針地藏！
大蛇丸的手臂化為數(shù)十道白蛇，隨自來也如針一般的頭發(fā)，兩道攻擊一起打到了山椒魚半藏身上。就在二人以為攻擊得手時，半藏被攻擊到的身體變?yōu)橐粸┧?，原來是水瞬身之術(shù)！
綱手那邊已經(jīng)臨時止血，加入戰(zhàn)局，三人一同尋找半藏的身影。原來此時半藏已經(jīng)跳到了空中，從天而降，舉起手中劇毒的鐮刀劈向大蛇丸，大蛇丸急忙使用土流壁擋下攻擊。
接著半藏落地就使用了通靈之術(shù)·山椒魚·井伏，召喚出一個巨大的山椒魚正在吐毒。山椒魚的毒霧彌漫的非常迅速，很快覆蓋了整條街道。中毒的木葉忍者紛紛倒下，不久后毒發(fā)身亡！
綱手三人則因為使用了強大的查克拉抵御毒素在體內(nèi)蔓延，此時還能勉強堅持。綱手三人不敢再拖，紛紛使出各自的最強招式。
三個通靈術(shù)同時發(fā)起，場中冒起大量白煙，待煙霧散去后，才看見三個通靈獸的身姿。
通靈·蛞蝓！這是綱手的通靈獸，既可以用于治療，又可以吐出大量腐蝕性酸液攻擊敵人。
通靈·文太！這是自來也的通靈獸，妙木山的巨大蛤蟆，能配合自來也使用出組合忍術(shù)。
通靈·萬蛇！這是大蛇丸的通靈獸，龍地洞的大蛇，移動速度飛快的同時，它的牙齒還有劇毒。
為阻止山椒魚半藏的毒霧，綱手三人各出絕招?，F(xiàn)在綱手讓蛞蝓分裂出了三只迷你蛞蝓趴在三人肩上，幫助治療身體，抵御毒素的影響。隨后綱手跳到山椒魚半藏面前，單腳砸了下去。
是怪力，痛天腳！可惜速度不夠快，半藏使用水瞬身之術(shù)再次避開。剛瞬身結(jié)束，就有一道道的酸液飛來。是蛞蝓朝著半藏的必經(jīng)之路上吐出了酸液，蛞蝓·舌齒黏酸！
酸液的覆蓋面積太大，躲不開的半藏只好用了一招水遁·水陣壁防御。不愧是半神，他所使用的水陣壁不同于其他忍者，范圍巨大，無數(shù)的水從地上噴向天空，就好像是從下往上的逆流瀑布。這一招不光防御住了酸液，連帶還把蛞蝓打飛，飛出去的蛞蝓分裂成了無數(shù)小蛞蝓才分散了傷害！
自來也此時已經(jīng)準(zhǔn)備就緒，站在蛤蟆文太的頭上，文太吐油，自來也吐火。這油被火焰的高溫點著后威力十分恐怖，這招組合忍術(shù)正是此時自來也威力最強大的一招，火遁·蛤蟆油炎彈！
水遁·水喇叭之術(shù)！破解火遁自然要用水遁，山椒魚半藏跳到空中，朝地面吐出喇叭般的大量水流沖擊蛤蟆油炎彈。終于，水還是滅了火。場中升騰起大量蒸汽，大蛇丸藏在蒸汽中消失不見。
落地后的半藏感知到地底有動靜，連忙再次跳開，果然，半藏剛才所站的地方出現(xiàn)一截尖銳的蛇尾，不及時躲開肯定已經(jīng)被切成兩半了。
躲開了蛇尾，還有蛇頭！此時萬蛇的頭部從另一邊地下破土而出，咬向半藏。半藏再次施展水瞬身之術(shù)躲開。然而大蛇丸等的就是半藏瞬身用完的一瞬間，大蛇丸一招潛影多蛇手，無數(shù)的白蛇飛撲而出，咬向半藏。這是潛影蛇手的加強版，蛇的數(shù)量變得更多，提高了多樣性的忍術(shù)。
面對漫天蛇影無法躲避的時刻，半藏竟然還能瞬間結(jié)印，水遁·水?dāng)嗖?！從口中急速吐出超高壓的直線水柱持續(xù)切斷目標(biāo)，一轉(zhuǎn)頭，所有的蛇都已經(jīng)被切割成為兩半，連帶蛤蟆文太和萬蛇都被打散！蛞蝓的分裂體在這次攻擊之下也極速減少。
水?dāng)嗖ü莶粶p，再次射向綱手三人。中毒后又經(jīng)歷一番激戰(zhàn)，綱手三人查克拉都快要用光，大蛇丸勉強釋放出通靈之術(shù)·一重羅生門！這扇巨大且堅硬的門擋在三人面前，可惜這扇門還是被水流沖破了，但是成功的削弱了水?dāng)嗖ǖ墓簟?p> 威力已經(jīng)大幅下降的水遁·水?dāng)嗖ㄟ€是將綱手三人擊飛倒地，此時場中唯一站著的忍者，就只有山椒魚半藏一人而已。
但事已至此，半藏已經(jīng)預(yù)見到這場戰(zhàn)爭最終將以木葉村的勝利而結(jié)束，看著地上躺著的三名忍者，都是三代火影的徒弟，其中一個還是千手家的后代，被人尊稱為綱手公主。
面前的三人在木葉的身份太高，山椒魚半藏猶豫良久還是決定不能殺，于是半藏選擇主動結(jié)束爭斗。看著地上躺著的三人，裝作惜才的樣子對他們說：“年輕的忍者啊，我山椒魚半藏，認(rèn)可你們的實力了，我愿意賜予你們“木葉三忍”的稱號?！?p> 半藏說完轉(zhuǎn)頭就走，留下“三忍”面面相覷，不知所以。三忍從雨隱村回去的路上，看到破亂不堪的村子，街道上甚至沒有一棟完整的建筑，這讓自來也心中感到愧疚不已。
戰(zhàn)爭開始的兩年來，多國忍者部隊在雨之國境內(nèi)交戰(zhàn)，長年的戰(zhàn)爭給雨之國帶來慘痛的災(zāi)難。雨之國平民身處戰(zhàn)火中心地帶，不可避免地被卷入戰(zhàn)爭，生命財產(chǎn)慘遭剝奪。
這時在街道深處，三個戰(zhàn)爭孤兒只穿著單薄的衣服，蹲在雨地里瑟瑟發(fā)抖，饑寒交迫。自來也想到正是因為木葉這種大勢力發(fā)動戰(zhàn)爭，才讓雨隱村的無辜百姓受連累。于是自來也抱著彌補戰(zhàn)爭創(chuàng)傷的期望，獨自留下照顧他們?nèi)齻€孩子。而這三個孩子的名字分別叫做彌彥、小南、長門！
三忍帶著三百名忍者，回來時只剩下綱手、大蛇丸倆人了。猿飛日斬在知道自來也不愿意回木葉村后，心里充滿了遺憾，但又沒法勸說他。
猿飛日斬得知山椒魚半藏稱呼綱手他們?yōu)槟救~三忍，作為戰(zhàn)勝國肯定需要拿出功績吹捧一番，于是命令暗部等成員四處散布消息。
這一下木葉三忍以及旗木家的木葉獠牙的稱呼，在整個忍界家喻戶曉?？上攵@五人回到木葉村以后，一定會被當(dāng)做木葉英雄對待。
此次雨隱村的戰(zhàn)爭雖然沒有打敗山椒魚半藏，不過也無所謂了，后面各村的影會談時，自然會要求雨隱村賠償各村的經(jīng)濟損失。
至此，歷時兩年的爭斗，第二次忍界大戰(zhàn)，正式結(jié)束！